Karafuto trực thuộc chính quyền trung ương ở Tokyo với vị thế Cơ quan Karafuto (樺太庁 (Hoa Thái thính), Karafuto-cho?) thuộc Cục thuộc địa (拓務局 (thác vụ cục), Takumukyoku?) của Nội vụ tỉnh. Thác vụ cục trở thành thác vụ tỉnh (拓務省, Takumushō?) vào năm 1923 và Karafuto chính thức trở thành một "ngoại địa" của Đế quốc Nhật Bản. Khi Bộ Thuộc địa được hợp nhất vào Đại Đông Á tỉnh vào năm 1942, chính quyền Karafuto được tách ra, và Karafuto trở thành một phần của "nội địa" Nhật Bản.

Trưởng quan Karafuto